在卵石-漂石地层中修建盾构隧道下穿运营铁路线路时，需要采取安全防护措施来减小对正常铁路运营的影响。依托北京地铁16号线榆-宛区间隧道穿越丰西铁路编组工程实例，系统分析了施工中的难点，阐述了盾构隧道穿越铁路编组时采取的刀具优化改造、渣土改良方案和掘进参数优化设置等措施，介绍了对铁路采取注浆加固、线路扣轨等防护措施的要点和工艺流程，并使用FLAC 3D模拟了盾构隧道穿越的全过程，对工程防护措施的有效性和必要性进行了分析。结果表明：对盾构隧道穿越区域铁道下方的土层进行注浆加固能有效阻隔盾构施工扰动向上传递，加固后地表垂直变形明显减小，铁路线路变形控制在安全范围内，验证了工程防护措施的有效性。